শেহতীয়া সময়চোৱাত মছজিদৰ তলত মন্দিৰৰ দাবীৰ বিষয়টো দেশত চৰ্চাৰ প্ৰধান বিষয় হৈ পৰিছে। উত্তৰ প্ৰদেশৰ সম্ভলৰ শ্বাহী জামা মছজিদ, বাৰাণসীৰ জ্ঞানবাপি মছজিদ, মথুৰাৰ শ্বাহী ঈদগাহ মছজিদ, আগ্ৰাৰ তাজমহল আদি স্থানৰ সৈতে জড়িত এই বিবাদ। হিন্দু পক্ষৰ দাবী যে এই সকলোবোৰ ইছলামিক স্থানত পূৰ্বতে হিন্দু মন্দিৰ আছিল, যিবোৰ ধ্বংস কৰি মছজিদলৈ ৰূপান্তৰিত কৰা হৈছিল। এই দাবীসমূহে কেইবাটাও বিতৰ্কৰ সৃষ্টি কৰিছে।
সম্ভলৰ শ্বাহী জামা মছজিদ সন্দৰ্ভত হিন্দু পক্ষই দাবী কৰে যে ইয়াৰ আগতে এই স্থান আছিল ভগৱান বিষ্ণুৰ হৰিহৰ মন্দিৰ, যিটো ১৫২৯ চনত আংশিকভাৱে ভাঙি মছজিদলৈ ৰূপান্তৰিত কৰা হৈছিল। একেদৰে বাৰাণসীৰ জ্ঞানবাপী মছজিদৰ বিষয়েও দাবী কৰা হৈছে যে আগতে তাত এটা ডাঙৰ হিন্দু মন্দিৰ আছিল, যিটো মোগল শাসক ঔৰংজেবে ভাঙি মছজিদ নিৰ্মাণ কৰিছিল। মথুৰাৰ শ্বাহী ঈদগাহ মছজিদৰ বিষয়েও কোৱা হৈছে যে এই মছজিদটো মোগল সম্ৰাট ঔৰংজেবে শ্ৰীকৃষ্ণৰ জন্মস্থানত নিৰ্মিত প্ৰাচীন মন্দিৰটো ধ্বংস কৰি নিৰ্মাণ কৰিছিল। দেশৰ বিভিন্ন স্থানত এনেধৰণৰ আন বহুতো বিবাদ চলি আছে।
তাজমহলৰ সন্দৰ্ভত হিন্দু পক্ষই এইটোও দাবী কৰে যে এই বিখ্যাত সমাধিস্থলটো পূৰ্বতে হিন্দু মন্দিৰ “তেজো মহালয়া” আছিল, যিটো শ্বাহজাহানে ধ্বংস কৰি তাত তাজমহল নিৰ্মাণ কৰিছিল। একেদৰে মধ্যপ্ৰদেশৰ ধৰ জিলাত অৱস্থিত কমল মৌলা মছজিদ সন্দৰ্ভত দাবী কৰা হৈছে যে সেয়া বাগদেৱীৰ ভোজশালা মন্দিৰ আছিল, যিটো পিছলৈ মছজিদলৈ ৰূপান্তৰিত কৰা হৈছিল। এই সকলোবোৰ ক্ষেত্ৰত হিন্দু পক্ষই যুক্তি আগবঢ়ায় যে এই স্থানসমূহত মন্দিৰৰ অৱশিষ্ট পোৱা গৈছে, যাৰ ফলত ইয়াৰ প্ৰাচীন ধৰ্মীয় পৰিচয় প্ৰমাণিত হৈছে।
এই বিতৰ্কৰ মাজতে ভাৰতীয় প্ৰত্নতাত্ত্বিক জৰীপ (ASI)ৰ প্ৰতিবেদনতো মন্দিৰৰ অৱশিষ্ট পোৱা বুলি দাবী কৰা হৈছে, যিয়ে এই স্থানসমূহৰ ঐতিহাসিক অৱস্থাক লৈ বিতৰ্ক আৰু অধিক বৃদ্ধি কৰিছে। উদাহৰণ স্বৰূপে ধৰ জিলাৰ কমল মৌলা মছজিদত কেইবাটাও ভাস্কৰ্য্যৰ অৱশিষ্ট পোৱা গৈছে, ইয়াৰ পৰা ইয়াৰ আগতে ইয়াত মন্দিৰ আছিল বুলি বুজা যায়। কিন্তু এই দাবীসমূহৰ মাজতো ভাৰতৰ প্ৰত্নতাত্ত্বিক জৰীপ আৰু অন্যান্য বিশেষজ্ঞসকলে এই কথা নাকচ কৰি কয় যে এই স্থানসমূহৰ কোনো এটা গঠন ধৰ্মীয় স্থান হ’ব নোৱাৰে, কিয়নো এইবোৰ প্ৰত্নতাত্ত্বিক আৰু ঐতিহাসিক সুৰক্ষাৰ অধীনলৈ আহে।
দেশত এনে বিবাদ নিষ্পত্তি কৰিবলৈ ১৯৯১ চনত পূজাৰ স্থান আইন গৃহীত কৰা হয়, য’ত কোৱা হৈছে যে ভাৰতৰ যিকোনো ধৰ্মীয় স্থানৰ ৰূপ ১৯৪৭ চনৰ ১৫ আগষ্টৰ পিছত সলনি কৰিব নোৱাৰি, কেৱল অযোধ্যাৰ বাহিৰে। এই আইনখনৰ উদ্দেশ্য আছিল ধৰ্মীয় স্থানৰ ৰূপত যিকোনো ধৰণৰ পৰিৱৰ্তন ৰোধ কৰা। কিন্তু এতিয়া মছজিদ-মন্দিৰ বিবাদে এই আইনখনৰ প্ৰাসংগিকতাক লৈ প্ৰশ্ন উত্থাপন কৰিছে, আৰু ইয়াক লৈ বিভিন্ন ন্যায়িক আৰু ৰাজনৈতিক বিতৰ্ক চলি আছে।